Windows ME เป็นการอัปเกรดเป็น Windows 9x และซอฟต์แวร์ส่วนใหญ่สำหรับ Windows 95 และ Windows 98 จะทำงานกับ Windows ME ได้ เราพูดว่า 'ส่วนใหญ่' เนื่องจากซอฟต์แวร์เช่นโปรแกรมป้องกันไวรัสหรือโปรแกรมอรรถประโยชน์อื่น ๆ ที่ออกแบบมาสำหรับ Windows 9x จะไม่ทำงาน (หรือทำงานได้ดี) ใน Windows ME โครงสร้างไฟล์และไฟล์การกำหนดค่ามีการเปลี่ยนแปลงเล็กน้อยใน Windows ME อย่างไรก็ตามเกมโปรแกรมและซอฟต์แวร์อื่น ๆ จะทำงานใน Windows ME หากซอฟต์แวร์ไม่ทำงานควรมีการอัปเดตที่อนุญาตให้ทำงานได้